工藤新一在最后恢复了。
在《名侦探柯南》的故事中，工藤新一因为目击了黑衣组织的秘密交易而被灌下毒药，身体缩小成了小学生的模样，并化名为江户川柯南。然而，随着剧情的发展，柯南与朋友们不断接近黑衣组织的秘密，寻找恢复的方法。
在故事的后期，柯南终于找到了恢复的方法，并成功变回了工藤新一。虽然过程中经历了许多困难和危险，但他最终战胜了困境，恢复了原本的身体和身份。
因此，对于问题“工藤新一最后恢复了吗”，答案是肯定的。他在最后确实恢复了原本的身份和体型。