法律分析：公司应该立即采取措施，停止员工违法行为并将其移交给机关处理。公司应该调查员工违法行为是否与工作有关，如果是公司指导或者默许的，则公司也应该承担相应的责任。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第三百六十三条：单位违反国家规定，参与犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照各自的犯罪情节，给予处罚。
2. 《中华人民共和国劳动法》第七十二条：用人单位有权对员工的违法行为予以纪律处分，但是纪律处分应当符合法律法规和职工规章制度的规定。
3. 《中华人民共和国企业职工违法行为责任条例》第三条：企业应当在法律、法规和规章制度的范围内对职工违法行为负主要责任。
注意：本文仅供参考，具体情况需根据实际情况及法律法规进行处理。